Secondo Bignardi nasce a  San Damaso, un paesino vicino Modena il primo aprile del 1925. Conclude gli studi artistici presso l’Istituto d’Arte Adolfo Venturi di Modena, diventando maestro d'arte. Nel 1949 si diploma come scenografo all'Accademia d’ Arte di Bologna.

L’amore per il cartone animato inizia nel 1948. Collabora come scenografo alla realizzazione dei primi due cortometraggi del dopoguerra. "Ali Califfo di Bagdad e Dintorni" e "L’Asino e la Pelle del Leone" prodotti da Paolo Campani. Subito dopo, nel 1950, entra come socio nella Paul Film di Modena, una delle case di Produzione più importanti del dopoguerra. Si sposa con Maria Eugenia Vandelli il 3 maggio del 1958, che sarà in futuro per lui moglie, amica e a volte collaboratrice di una vita intera e con cui avrà cinque figli ( Stefano, Fabio, Marcella, Elisabetta, Filippo).  

Nel 1962 entra, come regista e capo animatore, in una prestigiosa casa di produzione Milanese, la Cartoons Film. Qui stringe amicizia con i registi Jimmy Murakamy, Herry Hess, George Singer.  Lascia la Cartoons film per entrare nella Unioncartoons nel 1963. 

 Nel 1965 ritorna a Modena e fonda lo Studio Bignardi.  Conosce e collabora con artisti come Ellie Bobardous e Stepan Zavrel con cui creerà film poesia che faranno conoscere il suo lavoro in tutto il mondo ( "Heart of  Hearts" (1967) a "Ogni regno" (1969)). 
Nel 1972 inizia la collaborazione con Hugo Pratt, Guido De Maria, Bonvi e Giancarlo Governi per la realizzazione di episodi tv  per la serie televisiva" Gulp! fumetti in tv" . nel 1977 continua tale collaborazione per la serie televisiva Supergulp! fumetti in tv.  Serie per le quali realizza anche le prime due sigle. 

Dopo la metà degli anni settanta diventa consigliere del Gruppo Produttori Film D'animazione all' interno dell' ANICA. Diventa inoltre membro del direttivo dell' ASIFA internazionale e del comitato di organizzazione del festival di Lucca.

Nel 1985 inizia la collaborazione con Bruno Bozzetto per la realizzazione di documentari per la Rai, nello specifico per il programma Quark di Piero Angela.
In questo periodo Crea uno dei laboratori più importanti di Italia, il "laboratorio di formazione professionale per giovani autori di film d' animazione". Il primo Laboratorio ad entrare nel prestigioso istituto per la diffusione del cinema di animazione : L'ISCA.  crea in questo periodo ambiziosi corsi che non riuscirà mai a portare a termine.

Muore il 12 Luglio del 1998.